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Depuis son apparition, le scanner n'a cessé de voir dans le cadre odontologique sa place progresser, notamment dans l'exploration des pathologies dentofaciales. Ses évolutions permanentes permettent un usage de plus en plus étendu en orthodontie. Il reste plus irradiant que les techniques d'imagerie conventionnelles, et sa prescription devra se faire dans les cas où les autres techniques restent insuffisantes. Le scanner en orthodontie, est donc essentiellement utilisé en examen de seconde intention pour affiner les diagnostics. Il permet une visualisation tridimensionnelle des dents, pouvant les isoler des structures environnantes. Une étude très précise de leur situation spatiale et de leur morphologie peut être mise en oeuvre, et utilisée dans les cas de dents incluses, de résorption, d'ankylose, dans les choix de conservation des dents, en chirurgie. Des techniques d'analyse céphalométrique sont déjà utilisées.