De verschillende tracévarianten van de nieuw aan te leggen Hanzelijn doorsnijden een tweetal in het kader van de EU-Vogelrichtlijn aangewezen speciale beschermingszones. Een derde speciale beschermingszone ligt in de invloedssfeer van een van de tracévarianten. Dit project geeft inzicht in de vraag of, en zo ja in welke mate, er bij de aanleg en het gebruik van de Hanzelijn negatieve effecten optreden binnen de drie speciale beschermingszones van de EU-Vogelrichtlijn. Ook wordt beschreven of en hoe de schadelijke effecten kunnen worden gemitigeerd en of gecompenseerd.

In verband met de voorgenomen sanering van een bommendoel op de Vliehors (Vlieland) zijn de ecologische gevolgen van deze sanering in beeld gebracht. Tevens zijn deze gevolgen beoordeeld in het kader van ondermeer de Natuurbeschermingswet, de Vogel- en Habitatrichtlijn en de Flora- en Faunawet