In dit rapport worden handvaten geboden aan het Ministerie van LNV om keuzes te maken ten aanzien van de monitoring van biodiversiteit in landelijk gebied, hetgeen in deze studie beperkt is tot de monitoring van soorten, al dan niet in relatie tot de ecosystemen waar zijn deel van uit maken. Er is een begrippenkader opgesteld en er wordt ingegaan op de informatiebehoefte uitgaande van drie thema’s/perspectieven: natuurkwaliteit, omgevingscondities en functionele biodiversiteit. Ook wordt kort ingegaan op de mogelijke toepassingen van monitoringgegevens, bijvoorbeeld het evalueren van beleid, het creëren van draagvlak voor beleid of kennisontwikkeling ten behoeve van beleid. Beide aspecten (de informatievraag en de toepassing van de informatie) zijn namelijk van invloed op keuzes ten aanzien van te monitoren soorten, de meetstrategie en -methoden en de inzet van deskundigen, niet-deskundigen en/of vrijwilligers. -Aan de basis van een eenduidige en samenhangende monitoringssystematiek ligt kennis en informatie over de taxonomie, beschermingsstatus en ecologie van soorten. Deze kennis en informatie is momenteel versnipperd, inconsistent en niet goed toegankelijk. Een van de adviezen van deze studie is dan ook om deze kennis en informatie via een centraal systeem te ontsluiten en te onderhouden. Wat betreft de monitoring van natuurkwaliteit is het wenselijk om bestaande monitoring- en beoordelingssystemen (o.a. de soortenlijsten van de beheertypen, habitattypen, basiskwaliteit natuur) beter op elkaar af te stemmen en uit te gaan van een gradiënt van ‘basiskwaliteit’ naar ‘topkwaliteit’ natuur. Wat betreft de monitoring van omgevingscondities is afstemming met andere beleidsdossiers (bv. water, bodem, stikstof en klimaat) van belang. Dit thema (omgevingscondities) is in deze studie nog onvoldoende onderzocht om tot een selectie van te monitoren soorten over te gaan. Dit vergt een nadere uitwerking van de informatiebehoefte. Wat betreft de monitoring van functionele biodiversiteit is een andere aanpak dan voor de monitoring van natuurkwaliteit en omgevingscondities mogelijk, die meer gericht is op functionele kenmerken van soorten (niet op de taxonomie) in relatie tot ecologische processen/ecosysteemdiensten. Ook hier geldt dat dit thema nog nadere uitwerking behoeft wat betreft de informatiebehoefte. -- In zijn algemeenheid geldt dat de huidige door de overheid aangestuurde en gefinancierde monitoring vooral gericht is op trends in bv. natuurkwaliteit en omgevingscondities en minder op effecten van maatregelen (causale verbanden). De monitoring van effecten van maatregelen wordt wel opgepakt door agrarische collectieven, de Living Labs en burgerinitiatieven. Op deze monitoringsinitiatieven door agrarische collectieven, burgerinitiatieven en universiteiten en onderzoeksinstituten is echter geen sturing vanuit de overheid en voor de betrokken organisaties is er ook niet altijd interesse of een belang om aan te sluiten bij de landelijke en provinciale monitoring. Het is belangrijk dat het Ministerie van LNV eerst keuzes maakt op basis van de in dit rapport aangereikte handvaten. Vervolgens kan verdere invulling worden gegeven aan een eenduidige en samenhangende monitoringssystematiek voor de monitoring van biodiversiteit in landelijk gebied.

Karakteristieke soorten van habitattypen van de Habitatrichtlijn worden in dit rapport gedefinieerd als soorten met een ecologische binding aan habitattypen binnen het verspreidingsgebied van de betreffende typen. Met name trends van deze soorten kunnen daarom worden gebruikt voor de beoordeling van het functioneren van habitat-typen als leefgebied. Voor flora (vaatplanten, mossen, kranswieren: alle habitattypen) en funga (korstmossen, paddenstoelen: geselecteerde habitattypen en substraten) zijn uitputtende lijsten van karakteristieke soorten opgesteld, in totaal 840 taxa waarbinnen vaatplanten met 562 taxa het sterkst zijn vertegenwoordigd. Mariene habitattypen zijn niet in beschouwing genomen. Habitatsubtypen hebben eigen lijsten. Er is gebruik gemaakt van bestaande lijsten van typische soorten, kwaliteitssoorten van SNL-beheertypen en indicatorsoorten voor verdroging, verzuring en eutrofiëring. Het rapport presenteert de lijst karakteristieke soorten flora en funga en documenteert welke uitgangspunten zijn gebruikt bij het opstellen ervan.